在东莞市进行公司变更手续需要准备以下文件：

1. 公司变更申请书：需要填写详细的公司变更信息，包括变更原因、变更内容、变更日期等。申请书需由公司法定代表人签字，并加盖公司公章。

2. 公司原有营业执照副本：需要提供公司原有的营业执照副本。在公司变更办理过程中，该营业执照副本会被注销。

3. 公司新的工商登记申请表：需要填写新的工商登记申请表，包括新的公司名称、法定代表人、注册资本等信息。

4. 公司章程：需要提供公司章程原件，包括公司章程变更的相关内容。

5. 公司股东会决议：如公司有股东，需要提供股东会决议书，确认对公司的变更事项同意意见。

6. 公司法定代表人身份证明：法定代表人的身份证明文件原件及复印件。

7. 公司变更公告：需要在指定的媒体上发布公司变更的公告。

8. 其他可能需要的文件：根据具体公司变更情况，可能还需要提供其他相关文件，如公司证明文件、税务相关文件等。

总之，进行公司变更手续需要准备一系列文件，需要按照相关规定进行准备和提交。只有确保文件的准备齐全、合规，才能顺利完成公司变更手续。