在中国，公司注销是指企业在终止经营或者其他原因导致公司无法继续存在的情况下，通过法定程序将其从工商部门的注册企业名录中删除的一项法律程序。对于在东莞注册的公司，注销手续也需要在东莞进行办理。

根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司注销需要经过一系列程序，包括决议、申请报告、清算报告、税务报告、法定公告等步骤。在东莞，企业需要按照相关规定和程序到所属区县市场监督管理局或者其他相关部门办理公司注销手续。

在办理公司注销手续时，企业需要提供相关证明材料，包括公司章程、营业执照、经营许可证、税务登记证、财务报表等。此外，企业还需要向税务、社保等部门申报注销，并进行清算、公告等工作。

在完成以上步骤后，公司注销手续才能最终办理完毕。值得注意的是，如果公司在注销过程中存在违法行为或者逃避法律责任的情况，将会受到法律的严厉处罚。

综上所述，公司注销需要在东莞进行办理，企业应当注意遵守相关法律法规，按照程序办理注销手续，以确保公司注销顺利进行。同时，企业在注销前应充分了解相关规定和要求，以避免因操作不当而产生不必要的麻烦。