公司资质许可证是企业在东莞市经营活动的合法凭证，办理该证书需要一定的程序和手续。以下是在东莞办理公司资质许可证所需的主要手续：

首先，企业需准备好以下材料：企业营业执照、组织机构代码证、税务登记证、法人代表身份证、企业章程、近期的财务报表等相关证明材料。

其次，企业需要填写申请表，详细描述企业的经营范围、规模、经营地址等相关信息。

接着，按照《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国营业税法》等相关法律法规的规定，对所属行业和专业进行相关的资质鉴定和认证。

然后，企业需向东莞市相关部门递交申请材料，并根据相关程序进行申请。

经过审核后，东莞市相关部门将根据企业的实际情况和符合条件的要求进行审批，最终发放公司资质许可证。

最后，企业持证上岗，接受监督管理，按照《公司法》等相关法律法规要求合法经营。

总之，办理公司资质许可证是企业合法经营的重要凭证，企业应该严格按照相关手续和法律法规要求，依法申请和办理公司资质许可证，确保企业的合法经营和发展。