根据《中华人民共和国公司法》规定，公司注销是指向工商行政管理机关申请，依法解散并进行清算，终止法人地位的行为。公司注销需要按照法定程序办理，包括向工商行政管理机关申请注销、清算公司财产、清偿债务、办理税务注销等一系列手续。

对于在东莞注册的公司，其注销手续也需在东莞进行办理。具体来说，公司注销需要向东莞市工商行政管理局申请注销登记，提交公司清算报告、清算方案等相关资料，并经过审核批准后，办理税务注销、社保注销等其他相关手续。

在公司注销的过程中，公司需要做好清算工作，并依法履行清算程序，包括公告债务清偿、债务清偿、债权人登记、清算报告编制等工作。同时，公司还需向税务局办理税务注销手续，向人社局办理社保注销手续，确保所有相关事项办理完毕，公司注销手续才能最终完成。

因此，对于在东莞注册的公司来说，公司注销也需要在东莞进行相关手续办理，并且需要严格按照法定程序完成注销手续。同时，为了有效地完成公司注销手续，公司可以寻求专业的法律、会计等咨询机构的帮助，确保注销手续的顺利进行。