公司资质许可证办理并不一定需要在东莞进行。根据中国现行的相关法规，公司资质许可证的办理可以在中国任何地方完成，只需符合相关规定和条件即可。

根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国营业执照管理条例》的规定，公司在申请营业执照时需要提供符合规定的资质许可证，以确保公司的合法经营。而资质许可证的办理可以在公司所在地的工商行政管理部门或者专门的资质许可机构办理，无需特地在东莞进行。

然而，如果公司的经营范围涉及特定行业或者特定项目，可能会需要在东莞或其他地方进行相关的资质认证和审批。这通常是因为不同地区对于特定行业有着不同的管理规定和标准，因此需要在相应的地方进行办理。

总的来说，公司资质许可证的办理并不限定于东莞，而是需要根据公司的实际情况和经营范围进行合理的选择。在办理之前，建议公司先了解相关的法规和流程，以确保顺利办理资质许可证，以及避免不必要的麻烦。